Pascasarjana Universitas Yapis Papua (PPs UNIYAP) didirikan sejak tahun 2008 berdasarkan SK.Dirjen DIKTI RI Nomor: 855/D/T/2008 tanggl 13 Maret 2008. PPs UNIYAP pada tahun 2010 memiliki 1 (satu) Program Studi berdasarkan SK. Kopertis Wilayah XII Nomor:
3399/D/T/K-XII/2010 tanggal 12 Agustus 2010 tentang Pembukaan Program Studi Magister Sains (M.Si). Prodi. Manajemen PPs UNIYAP sebelumnya adalah Prodi. Magister Sains PPs UNIYAP, mengalami perubahan nama berdasarkan keputusan Menristek Dikti Nomor:
257/M/KPT/2017. Prodi. Manajemen PPs UNIYAP pertama kali terakreditasi berdasarkan SK. BAN-PT Nomor: 033/BAN-PT/Ak-IX/S2/I/2012 dengan peringkat akreditasi :B”, sedangkan akreditasi Prodi. Manajemen PPs UNIYAP selanjutnya berdasarkan SK. BAN-PT Nomor: 2945/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2016 dengan peringkat akreditasi “B”