Program studi Magister Manajemen (M.M) merupakan salah satu Program Studi “Strata Dua” (S2) yang diselenggarakan oleh Program Pascasarjana Universitas YAPIS Papua selain Program Studi Magister Hukum (M.H) , didirikan pada tahun 2008 dengan ijin penyelenggaraan Program Studi Magister Manajemen berdasarkan SK Dirjen DIKTI RI nomor: 855/D/T/2008 tanggal 13 Maret 2008. Pada tahun 2012 telah terakreditasi dengan peringkat “B” berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) nomor; 033/BAN-PT/Ak-IX/S2/I/2012, taggal 13 Januari 2012 dan pada tahun 2016 telah direakreditasi dengan peringkat “B” berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) nomor; No.2945/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2016 tanggal 1 Desember 2016 dengan Terakriditasi Institusi “B”.
Magister Manajemen (M.M) pada Program pascasarjana universitas Yapis Papua sebelumnya adalah Magister Sains (M.Si), berdasarkan keputusan Menristek Dikti No. 257/M/KPT/2017, Magister Sains (M.Si) berubah menjadi Magister Manajemen (M.M), Magister Manajemen pada Program Pascasarjana Universitas Yapis Papua merupakan satu-satunya dilingkungan KOPERTIS Wilayah XIV Papua dan Papua Barat yang telah menyelenggarakan pendidikan secara mandiri. Penyelenggaraan kegiatan proses belajar mengajar pada program studi magister manajemen diharapkan menghasilkan lulusan yang memiliki kemampuan konseptual, analisis, sintesis dan kemampuan praktikal manajerial dalam mengembangkan bisnis, mampu menyelesaikan masalah-masalah bisnis aktual dan mampu merumuskan kebijakan bisnis dalam menghadapi tantangan perubahan baik skala Nasional, Regional dan Internasional.
Program Studi Magister Manajemen Program Pascasarjana Universitas Yapis Papua diarahkan untuk mencapaian kompetensi pada lulusan yang memiliki kualifikasi sesuai dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI),sebagai berikut:
- Mempunyai kemampuan mengembangkan dan memutakhirkan ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau kesenian dengan cara menguasai dan memahami, pendekatan, metode, kaidah ilmiah disertai ketrampilan penerapannya;
- Mempunyai kemampuan rnemecahkan permasalahan di bidang keahliannya melalui kegiatan penelitian dan pengembangan berdasarkan kaidah ilmiah;
- Mempunyai kemampuan mengembangkan kinerja profesionalnya yang ditunjukkan dengan ketajaman analisis permasalahan, keserbacakupan tinjauan, kepaduan pemecahan masalah atau profesi yang serupa.
Dalam upaya meraih kompetensi lulusan sesuai dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI), maka pada program studi Magister Manajemeni tidak hanya dibekali dengan ilmu Manajemen bisnis saja tetapi juga memberikan materi ilmu-ilmu yang relevan terutama yang bersinggungan dengan ilmu manajemen bisnis, kewirausahaan atau dengan mensinergikan pada mata kuliah yang ada sesuai dengan topik yang relevan, sehingga kompetensi yang dibangun bagi lulusan Magister Manajemen memiliki Kemampuan Kerja, Kemampuan Manajerial, dan Penguasaan Pengetahuan.